Analisis Filogenetik Ayam Bekisar berdasarkan marka COI (Cytochrome Oxidase I)

This item is published by Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Tyautari, Inggrit (2020) Analisis Filogenetik Ayam Bekisar berdasarkan marka COI (Cytochrome Oxidase I). Undergraduate thesis, UIN Sunan Ampel SUrabaya.

Text
Inggrit Tyautari_H71216058.pdf
Download (4MB)

Abstract

Penentuan breed ayam di Indonesia merupakan hal yang penting guna menetapkan ayam domestik Indonesia serta untuk menelusuri garis keturunannya. Penelitian mengenai penentuan breed ayam di Indonesia perlu dilakukan terutama pada tingkat molekul penyusun materi genetiknya. Salah satu breed ayam Indonesia yang unik adalah ayam bekisar. Ayam bekisar merupakan hasil kawin silang antara ayam hutan hijau dengan ayam domestik Indonesia. Penelitian ini menggunakan marka COI sebagai barcode untuk menentukan filogeni ayam bekisar dan pewarisan karakter indukan. Jenis penelitian ini adalah deskriptif kualitatif dengan menggambarkan hubungan kekerabatan ayam bekisar berdasarkan urutan basa nukleotida daerah COI. Ekstraksi DNA menggunakan kit Promega:wizard genomic purification menghasilkan konsentrasi sebesar 0,563 µg/ml sampai 15,01 µg/ml dan nilai kemurnian sebesar 1,863 hingga 2,142. Amplifikasi PCR dengan pengaturan suhu pre-denaturation 96oC selama 3 menit, denaturation 94oC selama 1 menit, annealing 55oC selama 1 menit, extention 72oC selama 1 menit, dan post extention 72oC selama 5 menit dengan total siklus sebanyak 35 kali. Sekuensing dengan hasil analisis sekuens ayam bekisar yang disejajarkan dengan sekuens ayam Indonesia lainnya yang diunduh dari genbank. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode neighbor joining dengan 1000x pengulangan dan didukung dengan perhitungan jarak pairwise pada software MEGA 7.0. Hasil konstruksi filogenetik menunjukkan bahwa ayam bekisar memiliki kerabatan yang dekat dengan ayam Indonesia spesies Gallus gallus dengan nilai bootrap 100 dan nilai distance pairwise 0,0. Sedangkan nilai jarak genetik ayam bekisar dengan Gallus varius, Gallus sonneratti, dan Gallus Lafayettei sebesar 1,04; 0,98; dan 1,01. Hasil penelitian menunjukkan partial gen COI adalah daerah lestari yang tidak dapat digunakan untuk membedakan perbedaan intra spesies pada ayam Indonesia. Diperlukan penelitian mendukung untuk menganalisis complete sequence dari marka COI.