Analisis in Silico senyawa minyak atsiri pada Cymbopogon Citratus terhadap main protease SARS-COV-2

This item is published by Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya

Tankoiko, Soghi (2025) Analisis in Silico senyawa minyak atsiri pada Cymbopogon Citratus terhadap main protease SARS-COV-2. Undergraduate thesis, UIN Sunan Ampel Surabaya.

	Text Soghi Tankoiko_09020121040 full.pdf Restricted to Repository staff only until 23 July 2028. Download (6MB)
	Text Soghi Tankoiko_09020121040.pdf Download (6MB)

Abstract

Pandemi COVID-19 akibat virus SARS-COV-2 mendorong pencarian obat antivirus yang efektif. Salah satu target terapinya adalah enzim Main Protease (Mpro), yang berperan penting dalam replikasi virus dan tidak memiliki homolog pada sel manusia. Cymbopogon citratus (serai dapur) diketahui mengandung senyawa minyak atsiri yang bersifat antimikroba dan antivirus. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi potensi interaksi senyawa minyak atsiri C. citratus terhadap protein Mpro SARS-COV-2 dengan metode in silico. Sebanyak sembilan senyawa diuji, yaitu: Citral, Isoneral, Isogeranial, Geraniol, Geranil asetat, Citronellal, Citronellol, Germacrene-D, dan Elemol, dengan Nirmatrelvir sebagai kontrol. Prosedur penelitian meliputi skrining toksisitas dan kelayakan berdasarkan Hukum 5 Lipinski. Preparasi protein target dan penambatan molekuler dialakukan menggunakan AutoDockTools lalu visualisasi interaksi dengan Discovery Studio Visualizer. Setiap ligan ditambatkan sebanyak 50 kali untuk memperoleh rerata dan standar deviasi nilai afinitas. Hasil menunjukkan Germacrene-D memiliki nilai afinitas terbaik (-6,3 kcal/mol), diikuti oleh Elemol (-5,6 kcal/mol) dan Isoneral (-5,2 kcal/mol). Isoneral dan Elemol berinteraksi langsung dengan residu katalitik His41 dan Cys145 Mpro, dengan standar deviasi rendah (0,178 dan 0,234), menunjukkan interaksi yang stabil. Dengan demikian, senyawa minyak atsiri dari C. citratus yaitu Isoneral dan Elemol, menunjukkan potensi sebagai kandidat inhibitor Mpro SARS-COV-2 dan layak ditindaklanjuti melalui studi in vitro dan in vivo.

Statistic

Downloads from over the past year. Other digital versions may also be available to download e.g. from the publisher's website.

Item Type:	Thesis (Undergraduate)
Creators:	Creators Email NIM Tankoiko, Soghi soghitankoiko003@gmail.com 09020121040
Contributors:	Contribution Name Email NIDN Thesis advisor Rachmawati, Yuanita yuanitarhartono@gmail.com 2019088803 Thesis advisor Agustina, Eva eva_agustina@uinsby.ac.id 2030088901
Subjects:	Biologi Kesehatan Kesehatan
Keywords:	SARS-COV-2; Main Protease (Mpro); Cymbopogon Citratus; essential oils; silico; molecular docking
Divisions:	Fakultas Sains dan Teknologi > Studi Biologi
Depositing User:	Soghi Tankoiko
Date Deposited:	23 Jul 2025 08:36
Last Modified:	23 Jul 2025 08:36
URI:	http://digilib.uinsa.ac.id/id/eprint/82990

Actions (login required)

View Item